Liebe ABOL- und DNA-Barcoding Community,
vielleicht gibt es sie ja doch – mehr Zeit zum Lesen. Um sicher zu gehen, dass der Lesestoff nicht ausgeht, wollen wir hier auf zwei sehr spannende Publikationen zum Thema DNA-Barcoding aufmerksam machen:
Bei Pflanzen ist eine zuverlässige Artbestimmung mit nur einem genetischen Marker bis jetzt nicht möglich, daher geht die Tendenz in Richtung Sequenzierung gesamter Chloroplastengenome. Dieser Ansatz ist zur Dokumentation von regionalen und nationalen Floren jedoch sehr kostenintensiv. Eine Lösung in Form eines Multi-Marker-Ansatzes hat Harald Meimberg (BOKU) bei der ABOL-Tagung vorgestellt. Eine alternative Methode behandelt die erste hier vorgestellte Publikation.
Inger Alsos et. al beschreiben Genome Skimming als Methode, die neben frisch gesammeltem Pflanzenmaterial, auch die wertvollen Schätze in den Herbarien für DNA-Barcoding und andere genomische Analysen erschließt. Die Erfolgsquoten waren auch bei Herbarmaterial bei den meisten Pflanzenfamilien sehr hoch – in über 1000 Gattungen aus 160 Familien konnten bei über 90% die drei Barcodingmarker (ITS2, matK und rbcL) gewonnen werden. Die Autoren empfehlen Genome Skimming von Herbarmaterial als effiziente und relativ kostengünstige Methode zur Erstellung von DNA-Barcoding Referenzen und für genomische Studien.
Zitat: Alsos, I.G., Lavergne, S., Merkel, M.K.F., Boleda, M., Lammers, Y., Alberti, A., Pouchon, C., Denoeud, F., Pitelkova, I., Pușcaș, M., Roquet, C., Hurdu, B.-I., Thuiller, W., Zimmermann, N.E., Hollingsworth, P.M., Coissac, E. The Treasure Vault Can be Opened: The Treasure Vault Can be Opened: Large-Scale Genome Skimming Works Well Using Herbarium and Silica Gel Dried Material. Plants 2020, 9, 432.
In der zweiten Publikation wird die Notwendigkeit eines standardisierten quantitativen und qualitativen Insektenmonitorings betont, um die Veränderungen der Insektenfauna in Abundanz, Arten und Artenzusammensetzung erfassen zu können. Die Autoren um Axel Hausmann führten vergleichende Untersuchungen der Insektenfauna in Süd-Deutschland in ökologisch und konventionell bewirtschafteten landwirtschaftlichen Flächen mittels Malaise-Fallen und Lichtfallen durch. Dabei wurde nicht nur die Artenzusammensetzung mittels DNA-Metabarcoding, sondern auch die Biomasse und bestimmte biologische Traits erfasst. Nicht unerwartet wurden in Bioflächen im Vergleich zu konventionell bewirtschafteten Flächen bei Schmetterlingen höhere Biomasse und Artenzahlen, als auch eine höhere Anzahl an Rote Liste Arten nachgewiesen. Die hier präsentierte Methodik stellt einen zeit- und kosteneffizienten standardisierbaren Ansatz für das Monitoring von Insekten dar.
, , , Knubben, J., Moriniére, J., Bozicevic, V., Doczkal, D., Günter, A., Ulrich, W., Habel, J.C. Toward a standardized quantitative and qualitative insect monitoring scheme. Ecol Evol. 2020; 00: 1–12.
