Aufgrund des großen Erfolgs im letzten Jahr hat heuer in den letzten beiden Septemberwochen der 2. DNA-Barcoding Workshop an der University of Zambia (UNZA) in der Hauptstadt Lusaka stattgefunden.
Im Rahmen des OeAD-Projekts “Inventorying biodiversity in the tropics: Establishing a DNA-barcoding pipeline for characterizing and monitoring Zambia’s biodiversity” unter dem Lead der Universität Graz (Stephan Koblmüller und Lukas Zangl) und Beteiligung von ABOL und Prof. Cyprian Katongo (UNZA) wurden Studierende und Mitarbeiter:innen der UNZA in allen erforderlichen Schritten der Erstellung von DNA-Barcodes ausgebildet. Der Workshop begann mit einer Vortragsreihe über verschiedene Aspekte von DNA-Barcoding als Standardansatz zur Erfassung der Biodiversität, dessen Anwendungsmöglichkeiten im Monitoring, die Herausforderungen einer nationalen Biodiversitätsinitiative und Möglichkeiten für Studierende und Doktorand:innen in Österreich zu forschen. Die restlichen Workshoptage bildeten den gesamten Prozess der Erstellung von DNA-Barcodereferenzen – vom Sammeln bis zur Datenauswertung – ab. Die generierten DNA-Barcodes von Fischen und Libellen sollen als Kristallisationskeim dienen, um den sich eine nationale Initiative in Sambia formieren kann. Anhand der Libellen wurde den Teilnehmer:innen auch das Präparieren und Bestimmen von Insekten nähergebracht. Laborarbeit mit DNA-Extraktion und PCR, sowie die Bearbeitung und Auswertung der Sequenzdaten erfreuten sich besonderer Beliebtheit. Insgesamt war der Workshop mit etwa 30 Teilnehmer:innen abermals ein großer Erfolg.
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DNA-Barcoding Workshop an der Universität von Sambia
Anfang Oktober hat ABOL gemeinsam mit Prof. Cyprian Katongo einen DNA-Barcoding Workshop an der Universität von Sambia (UNZA) in Lusaka abgehalten. Der Workshop – als Teil des OeAD Kooperation Entwicklungsforschung-Projekts “DNA barcoding of Zambias Biodiversity” (unter dem Lead der Universität Graz) – hatte zum Ziel, Studierenden und Angestellten Methode und Anwendungen von DNA-Barcoding näher zu bringen. Der Workshop wurde mit zwei Keynote-Vorträgen von Prof. Christian Sturmbauer (Univ. Graz) eröffnet. Darauf folgte eine Vortragsreihe zu verschiedenen Aspekten von Biodiversität und DNA-Barcoding, die von Stephan Koblmüller (Univ. Graz), Cyprian Katongo (UNZA), Nikola Szucsich und Michaela Sonnleitner (ABOL-Koordination) gehalten wurden. Nach den anstrengenden Grundlagen war die Sammelexkursion an die Flüsse Kafue und Sambesi sicher ein Highlight für die etwa 30 Teilnehmer:innen. Mit Netzen ausgestattet versuchten die Teilnehmer:innen verschiedene Arten an Libellen zu fangen, was nach einer kurzen Eingewöhnungsphase auch sehr gut gelang. Libellen stellen gute Indikatororganismen für die Qualität von Gewässern dar und eignen sich daher gut für den Start einer Biodiversitätserfassung. Außerdem ist entsprechende Bestimmungsliteratur vorhanden. Zusätzlich wurden vom Department of Fisheries Fische zum Beproben zur Verfügung gestellt. Am nächsten Tag wurden von den Libellen und Fischen Gewebeproben entnommen und die Tiere präpariert. Die DNA-Extraktion wurde im Labor der Veterinärmedizin unter der Anleitung von Lukas Zangl (Univ. Graz, Universalmuseum Joanneum) und Stephan Koblmüller durchgeführt. Den Abschluss bildete Datenauswertung und -interpretation. Dabei konnten die Teilnehmer:innen Sequenzdaten, die von den Kursleitern zur Verfügung gestellt wurden, editieren, Stammbäume berechnen etc. Die Teilnehmer:innen waren bis zum Schluss mit Begeisterung und Engagement bei der Sache. Wir hoffen, dass der Workshop dazu beigetragen hat, DNA-Barcoding als Ansatz zur Erforschung der reichen Biodiversität Sambias zu etablieren.
Impressionen vom Workshop:
Die ABOL-BioBlitze sind nach zwei erfolgreichen Durchgängen 2019 und 2020 in der Community bereits weithin bekannt. Auch heuer werden wir uns wieder an den Tagen der Artenvielfalt beteiligen und rufen Sammlerinnen und Sammler auf, bei den ABOL-BioBlitzen mitzumachen. Es geht dabei darum, gesammelte und bestimmte Tiere (v.a. Insekten) zusätzlich für die genetische Analyse zu beproben. So kann ein Mehrwert geschaffen werden, mit dem wir einen Beitrag zur Befüllung der DNA-Barcoding Datenbank beitragen, die Bestimmung absichern und eine innovative Methode vermitteln können.
Erstmals bieten wir heuer auch Daten-Workshops an, in denen der Umgang mit den DNA-Barcoding-Daten und der internationalen Datenbank BOLD erlernt und geübt werden kann. Die online-Workshops können von Sammlerinnen und Sammler und anderen interessierten Personen besucht werden. Die Termine werden nach Bedarf festgelegt. Bei Interesse, bitte ein Mail an Oliver.Macek@nhm-wien.ac.at.
Das neue Workshop-Angebot von ABOL „BOLD & Datenanalyse“ ist erfolgreich angelaufen.
Im Februar haben die ersten beiden Workshops bereits insgesamt 28 TeilnehmerInnen die internationale Barcode of Life Database (BOLD) nähergebracht und ihnen ermöglicht, die Analysebereiche der Plattform kennenzulernen. In den Workshops konnte aktiv mit der Plattform gearbeitet und die Interpretation der DNA-Barcoding Daten geübt werden.
Das online-Format der Workshops erleichterte eine grenzüberschreitende Teilnahme – aus Österreich, Deutschland, Kroatien und Italien waren TeilnehmerInnen von insgesamt 15 Instituten vertreten. Aufgrund des unterschiedlichen Wissensstands, von DNA-Neulingen bis zu DNA-Barcoding-VeteranInnen, entstand eine gute Mischung an Diskussionen über die vielfältigen Funktionen, Details und Möglichkeiten der BOLD-Plattform und dem Thema DNA-Barcoding allgemein.
Mit einleitender theoretischer Information ausgestattet, konnten die TeilnehmerInnen mit einem Test-Datensatz einfache und fortgeschrittene Aufgaben eigenständig bewältigen und die gängigsten Situationen auf BOLD selber in Erfahrung bringen. BOLD bietet gute Möglichkeiten um (einfache) DNA-Barcode-Analysen ohne viel Aufwand zu lösen. Zusätzlich wurde auf individuelle und spezielle Fragen der TeilnehmerInnen eingegangen, wie z.B. zum Thema DNA-Barcoding von Museumsmaterial, Datenupload auf BOLD & Kommunikation mit anderen BOLD-Usern, sowie die Schwachstellen der Plattform.
Des Weiteren wollten wir den TeilnehmerInnen mitgeben, wie wichtig eine gute Datenqualität für die Anwendbarkeit einer Referenzdatenbank ist und dass BOLD diesen Ansatz fördert, aber die Community genauso dafür verantwortlich ist, die Qualität ständig zu verbessern.
Wir freuen uns sehr, dass im Rahmen der Workshops Mitglieder der österreichischen und benachbarten Biodiversitäts-Community untereinander und mit ABOL vernetzt werden.
Der nächste Workshop-Termin steht bereits an (26.3.) und weitere Termine werden in Zukunft sicherlich folgen! Bei Interesse, bitte per Mail bei Oliver Macek melden!
Aktuelle Infos zu den Workshops finden Sie auf unserer Website:
Liebe ABOL-Gemeinde,
zuallererst ein Dankeschön an alle Teilnehmenden unserer diesjährigen ABOL-Tagung. Heuer haben wir uns zum ersten mal für begleitende Workshops entschieden – danke für die anregenden Diskussionen, wir hoffen solche Veranstaltungen bald wieder anbieten zu können. Ein besonderes Dankeschön an alle Vortragenden für die mitreißenden Beiträge. Dadurch konnten wir uns einen schönen Überblick machen, was bereits läuft und was mit DNA-Barcoding alles möglich ist.
Danke auch für das viele, positive Feedback. Wir wünschen frohe Festtage und einen Guten Rutsch und hoffen auf fruchtbare Zusammenarbeit im nächsten Jahr.
Unsere Bildergalerie gibt einen kleinen Eindruck von den zwei Tagen am NHM (Fotocredits: A. Schumacher, M. Sonnleitner; sollte jemand mit der Veröffentlichung eines oder mehrerer Bilder nicht einverstanden sein, bitte ein Mail an abol@nhm-wien.ac.at).
Mit besten Grüßen,
Ihr/Euer ABOL-Team
Liebe ABOL-Community und Biodiversitäts-Interessierte,
das Programm zur diesjährigen ABOL-Tagung ist nun fertig und kann hier heruntergeladen werden: program-abol-meeting2018.
Weitere Infos sind auf unserer Tagungswebsite zu finden!
Wir freuen uns, dass sich so viele Leute angemeldet haben und hoffen auf produktive Workshops und eine spannende Fachtagung!
Euer ABOL-Koordinationsteam
ABOLmeeting2018_program_end-1
Das ABOL Koordination-Team bietet einen Workshop an, um den Umgang mit der ABOL Datenbank zu erlernen. Dabei beginnen wir gemeinsam von Anfang an. Vorkenntnisse zur Datenbank Software Specify oder Datenbanken im Allgemeinen sind nicht notwendig.
Ort & Termine
Der erste ABOL Datenbank Workshop fand bereits am 06.11.2017 statt. Die nächsten Workshops werden am 21.11.2017 und 06.12.2017 abgehalten. Dabei ist das Interesse so groß, dass die Termine bereits ausgebucht sind! Deshalb freuen wir uns darauf im Jänner weitere Termine anbieten zu können. Die Dauer beträgt 4 Stunden (exkl. 30 min Pause), wobei der Workshop jeweils vormittags abgehalten wird. Die Workshops werden am Naturhistorischen Museum Wien abgehalten. Weitere Termine wird es Anfang 2018 geben, auf Wunsch auch in anderen Institutionen.
Die Anmeldung ist ab sofort möglich. Sollten Sie Interesse an einem Termin im Jänner haben, zögern Sie nicht uns zu kontaktieren!
Anmeldung/Abmeldung
Anmeldungen können per Mail an denise.grau@nhm-wien.ac.at vorgenommen werden. Im Falle eine Abmeldung bitten wir Sie uns so bald als möglich zu kontaktieren.
Ausrüstung
Das Mitbringen eines eigenen Laptops ist nicht zwingend notwendig, wird jedoch wärmstens empfohlen. Die Datenbank Software Specify sollte auf Ihrem Gerät installiert sein. Folgen Sie dazu dem ABOL-Datenbank Manual – Installation & Login, Schritt 1-2. https://www.abol.ac.at/project/installation
Sollten Sie dennoch Probleme mit der Installation haben, geben Sie bitte per Mail Bescheid. Die Installation werden wir uns im Zuge des Workshops aber ohnehin gemeinsam anschauen.
Unterlagen
Das Skript zum Workshop, sowie Beispieldaten erhalten Sie per Mail.
Kosten
Der ABOL-Datenbank Workshop ist kostenlos, eine Anmeldung ist jedoch zwingend notwendig.
Wir freuen uns auf einen gelungen Workshop!
NOBIS (http://www.nobis-austria.at/) veranstaltet am 7. Juni 2017 einen Workshop zum Thema “DNA-Barcoding – Workflow und “best practice” beim Erstellen von Referenzsequenzen”.
Die eintägige Veranstaltung soll TeilnehmerInnen näher bringen, wie DNA-Barcodes generiert und angewendet werden. Fallbeispiele sollen das Vermittelte festigen.
Der Workshop wird geleitet von: Nikola Szucsich, Luise Kruckenhauser, Denise Grau, Oliver Macek, Helmut Sattmann, Harald Letsch & Elisabeth Haring
Ort: Naturhistorisches Museum Wien, Kurssaal; Eingang: Burgring 7
Kursgebühr: 10 € / Teilnahme (für NOBIS-Mitglieder gratis)
Anmeldung bis 20. Mai (begrenzte Teilnehmerzahl) an: Nikolaus.Szucsich@nhm-wien.ac.at
ABOL war einer der Schwerpunkte beim „Workshop Alpine Landsnails“ (August 18-22 2014) in Johnsbach, Steiermark. Nikola Szucsich führte in seinem Vortrag in das Projekt ein und hob die besondere Bedeutung von Schutzgebieten für die Biodiversität an sich sowie für die Biodiversitätsforschung und den Naturschutz hervor. Der Nationalpark Gesäuse mit seinen zahlreichen Endemiten war in dieser Hinsicht ein besonders guter Boden für die Präsentation der Bestrebungen von ABOL: eine seriöse Erfassung der Fauna und Flora des Landes mittels integrativer taxonomischer Methoden und einer geeigneten Datenbank. Für eines der vier Pilotprojekte im Rahmen von ABOL, die Erfassung der österreichischen Molluskenfauna, wurden vor Ort geprobt. In Exkursionen im und um den Nationalpark Gesäuse wurden Daten erhoben, die in dies ABOL-Datenbank einfließen sollen. Ein Grundstock an Daten ist allerdings bereits durch die bisherige Arbeit der Projektgruppe „Alpine Landschnecken“ sowie durch die reichen Bestände der wissenschaftlichen Sammlung des Naturhistorischen Museums Wien
gegeben. Präsentationen über die Datenqualität alter Sammlungen und über die rechtlichen Aspekte des Sammelns sowie Berichte über Biodiversitätsstudien in anderen Teilen Österreichs ergänzten den DNA-Barcoding-Schwerpunkt.
Dem Management des Nationalparks danken wir für ideelle, organisatorische und materielle Hilfestellungen. Den Freunden des Naturhistorischen Museums danken wir für finanzielle Unterstützung. Und allen Teilnehmern danken wir für interessante Gespräche und gute Stimmung.
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